ตามที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงมีพระราชดำริบางประการเกี่ยวกับการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ซึ่งมี ใจความดังต่อไปนี้ “การสอนและอบรมให้เด็กมีจิตสำนึกในการอนุรักษ์พืชพรรณนั้น ควรใช้วิธีการปลูกฝังให้เด็กเห็นความงดงาม ความสนใจ และเกิดความปิติที่จะทำการศึกษาและอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป การให้วิธีสอน การอบรมและให้ความรู้สึกกลัวว่า หากไม่อนุรักษ์แล้ว จะเกิดผลเสียเกิดอันตรายแก่ตนเอง จะทำให้เด็กเกิดความเครียด ซึ่งจะเป็นผลเสียแก่ประเทศในระยะยาว” โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริจัดตั้งงาน “สวนพฤกษศาสตร์ โรงเรียน” เพื่อเป็นสื่อในการสร้างจิตสำนึกด้านอนุรักษ์พันธุกรรมพืชโดยให้เยาวชนนั้นได้ใกล้ชิดกับพืชพรรณไม้ เห็นคุณค่า ประโยชน์ ความสวยงาม อันจะก่อให้เกิดความคิดที่จะอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป สวนพฤกษศาสตร์ คือ แหล่งที่รวบรวมพันธุ์พืชชนิดต่างๆ ทีมีชีวิต จัดปลูกตามความเหมาะสมกับสภาพถิ่นอาศัยเดิม มีห้อง สมุด สถานที่เก็บรวบรวมตัวอย่างพรรณไม้รักษาสภาพ อาจเป็นตัวอย่างแห้งหรือตัวอย่างดอง หรือเก็บรักษาด้วยวิธีอื่นๆ พันธุ์พืช ที่ทำการรวบรวมไว้นั้นจะเป็นแหล่งข้อมูลและการเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับพันธุ์ไม้ นอกจากนี้สามารถใช้เป็นแหล่งพักผ่อนหย่อนใจซึ่ง สามารถดำเนินการสวนพฤกษศาสตร์ในพื้นที่ของโรงเรียน โดยมีองค์ประกอบดังกล่าว เป็นสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนใช้ใน วัตถุประสงค์ดังกล่าว อีกทั้งใช้ในการศึกษาและเป็นประโยชน์ในการสอนวิชาต่างๆ จากพระราชดำริและพระราโชวาทของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีในเรื่องของสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ซึ่งมี ความสอดคล้องกับงานปกติในเรื่องของการเรียนการสอน และในเรื่องของการปฏิรูปการศึกษา ซึ่งเน้นให้นักเรียนเป็นศูนย์กลาง ดัง นั้นทางโรงเรียนจึงได้มีการประชุมหารือ และเห็นพ้องต้องกันที่จะสนองราชดำริ ดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน อันเนื่องมา จากพระราชดำริฯ โรงเรียนสันติสุข จังหวัดเชียงใหม่เป็นโรงเรียนที่จัดสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติที่ร่มรื่น มีพื้นที่จำนวนมาก โรงเรียนได้เอาใจใส่ ดูแลพรรณไม้เป็นอย่างดีแต่ยังขาดการสร้างจิตสำนึกให้เยาวชนมีความรักความร่มรื่นสวยงามของพรรณไม้เท่าที่ควร จึงมีแนวคิด สอดคล้องกับงานสวนพฤกษศาสตร์ในโรงเรียนตามแนวพระราชดำริของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้สมัคร เข้าร่วมโรงการดังกล่าว สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน จึงเป็นการดำเนินงานในอีกรูปแบบหนึ่งของ “สวนพฤกษศาสตร์” โดยมีการรวมพันธุ์ที่มีชีวิต มีแหล่ง ข้อมูลความรู้เกี่ยวกับพันธุ์ไม้ มีการศึกษาต่อเนื่อง มีการเก็บตัวอย่างพันธุ์ไม้แห้งและพันธุ์ไม้ดอง มีการรวบรวมพันธุ์ไม้ท้องถิ่นเข้ามา ปลูกรวบรวมไว้ในโรงเรียนและภูมิปัญญาท้องถิ่น มีการบันทึกรายงานและข้อมูลรวมทั้งภูมิปัญญาท้องถิ่นเกี่ยวกับพันธุ์ไม้ มีมุม สำหรับศึกษาค้นคว้าและมีการนำไปใช้ประโยชน์เพื่อเป็นสื่อการเรียนการสอนในวิชาต่างๆ เป็นการดำเนินการให้สอดคล้องกับสภาพ ท้องถิ่น ไม่ฝืนธรรมชาติ และเป็นไปตามความสนใจและความพร้อมของโรงเรียน ดำเนินการโดยสมัครใจไม่ให้เกิดความเครียด